A Diretoria é o órgão responsável pela condução das operações do Banco de Desenvolvimento. É composto por cinco diretores titulares e suplentes nomeados pelos países-membros.
A Diretoria Executiva estabelece as políticas do FONPLATA, aprova operações de crédito ou outras operações que estejam dentro dos objetivos do Banco de Desenvolvimento.
ARGENTINA | Titular | Christian Gonzalo Asinelli |
| Suplente | María Laura Pellegrini | |
BOLÍVIA | Titular | Agustín Saavedra Weise |
| Suplente | ||
BRASIL | Titular | Marcos Machado Guimarães |
| Suplente | Eduardo Rolim de Pontes Vieira | |
PARAGUAI | Titular | Oscar Antonio Pérez López |
| Suplente | Francisco Katsuki Ogura Kono | |
URUGUAI | Titular | Fernando Luis Scelza Martínez |
| Suplente | Mariella Esther Maglia Mazzilli | |
PRESIDÊNCIA DA DIRETORIA EXECUTIVA | Paraguai | Oscar Antonio Pérez López |