A Assembleia é o órgão máximo do Banco de Desenvolvimento e é integrada por cinco Governadores Regulares e cinco Governadores Suplentes indicados pelos países-membros.
A Assembleia de Governadores se reúne ordinariamente uma vez por ano ou em reunião extraordinária, de acordo com o assunto encaminhado a sua consideração.
A Assembleia determina o destino dos lucros recebidos pelo FONPLATA, aprova o relatório anual da Diretoria e os estados financeiros devidamente auditados. Além disso, escolhe o Presidente Executivo de acordo com as regras estabelecidas no Convênio Constitutivo, nomeia os auditores externos e avalia qualquer outro assunto que seja expressamente direcionado a ele.